Este é um problema no WPrefs, que ao invés de seguir o link, o apaga e grava um arquivo normal. para arrumar, edite o arquivo /usr/X11R6/bin/RunWM e na linha 181: 


[root@localhost]# ln -fs "$GSDIR/Defaults/WMRootMenu.$LINGUA" "$GSDIR/Defaults/WMRootMenu" 

mude para: 

if [ -L $GSDIR/Defaults/WMRootMenu ] ; then
  ln -fs "$GSDIR/Defaults/WMRootMenu.$LINGUA" "$GSDIR/Defaults/WMRootMenu"
fi